2013 wurde KMD Michael Mages in das neu geschaffene Amt des Flensburger Stadtkantors an den Innenstadtkirchen St. Marien und St. Nikolai berufen.
Seit 1993 wirkt er bereits als Kantor und Organist an St. Nikolai, wo er mit dem Sankt Nikolai Chor und dessen Kammerbesetzung, der Cappella St. Nikolai, das kirchenmusikalische Leben in der Stadt und der Region prägte.
Seit 2013 nimmt er als Stadtkantor die Aufgabe wahr, unsere traditionsreichen Innenstadtkirchen als Orte lebendiger Kirchenmusik und Verkündigung erlebbar zu machen
Einen ersten Akzent setzte er mit der Zusammenführung der beiden getrennt laufenden Orgelkonzertreihen in St. Marien und St. Nikolai. Unter dem Titel Flensburger Orgelsommer – Internationale Orgelkonzerte zur Marktzeit in St. Marien und St. Nikolai finden die Konzerte seit 2014 in wöchentlichem Wechsel statt und bringen namhafte Organisten aus dem In-und Ausland nach Flensburg.
2018 wurde in enger Zusammenarbeit mit Pastorin Sylvia Fuchs eine neue Gottesdienstreihe unter dem Titel „Lesungen und Musik“ eingeführt. Mit wechselnden Interpreten und Ensembles bietet sie die Möglichkeit für neue Gottesdienstformen mit einer prägnanten liturgischen Gestaltung.Im selben Jahr führte auch der Flensburger Orgelspaziergang erstmals in vier Kirchen der Flensburger Altstadt.
Wer St. Marien als Ort der Einkehr und Stille erleben möchte, kann dies in den musikalischen Andachten der Passions-und Adventszeit: Atempausen – Musik und Besinnung auf dem Weg bzw. Zeit für die Seele – Wort und Musik zum Advent.
Und schließlich kann man die beiden klangvollen Orgeln in St. Nikolai und St. Marien auch aus nächster Nähe erleben. In besonderen Orgelführungen präsentiert Stadtkantor Michael Mages die Instrumente konzertant und berichtet Wissenswertes aus der Geschichte der Königin der Instrumente.